L’Institut fondamental d’Afrique noire (IFAN) est créé en août 1936, par arrêté n° 1945/E du Gouverneur général de l’Afrique occidentale française (AOF), Jules Brevié, et le poste de Secrétaire général fut occupé par Théodore Monod qui prend ses fonctions à Dakar à partir de juillet 1938. Institut fédéral de recherche, il était implanté à Dakar (capitale de l’AOF) avec des centres locaux dans les différents territoires : Saint-Louis, Abidjan, Bamako, Cotonou, Niamey, Ouagadougou, des centres associés (Douala et Lomé) et des bases (Atar, Diafarbé, Mont-Nimba). En 1960, l’IFAN a été intégré à l’Université de Dakar. Dès lors, les centres locaux et associés sont devenus autonomes. En 1966, l’IFAN, tout en gardant son sigle, est devenu Institut fondamental d’Afrique noire. En 1986, il a pris son nom actuel IFAN Cheikh Anta Diop, après le décès du professeur Cheikh Anta Diop, l’un de ses plus éminents chercheurs. L’IFAN est composé de six départements : Sciences humaines, Langues et civilisations, Biologie animale, Botanique et géologie, Musées et Information scientifique.

Dans le cadre du CiLDak, l’IFAN propose une exposition sur des Cahiers d’élèves qu’elle conserve dans ses fonds documentaires, intitulée « Cahiers William Ponty et Frédéric Assomption : héritage et devoir mémoriel ». Cette exposition a été présentée pour la première fois lors du Sommet de la Francophonie tenu à Dakar en 2014. Les Cahiers William Ponty ont été inscrits au Registre Mémoire du Monde de l’UNESCO en 2015 et un Catalogue des Cahiers de l’École William Ponty et de l’École rurale Frédéric Assomption de Katibougou a été publié par le Service des Publications de l’IFAN en 2019.